FFPE (фиксированные в формалине парафинизированные образцы)
Выделение нуклеиновых кислот из образцов FFPE (фиксированные в формалине парафинизированные образцы) обычно является сложной задачей. Причиной проблем являются:
— качество используемых для фиксации материалов (формалин и парафин)
— повреждение нуклеиновой кислоты в процессе фиксации формалином
— «сшивание» нуклеиновой кислоты с белками в клетках образца
— сложность отделения «пришитой» нуклеиновой кислоты от белков
— высокий риск потери сильно деградированной нуклеиновой кислоты в процессе выделения и отмывки на частицах
В предлагаемом нами наборе мы оптимизировали выделение и очистку даже сильно деградированных нуклеиновых кислот из фиксированных в формалине парафинизированных образцов.
Входящие в набор буфера с высокой эффективностью выделяют о очищают нуклеиновую кислоту (ДНК и РНК), химически модифицированную формалином во время фиксации.
Единственное возможное осложнение, когда фиксация была сделана некорректно и привела к безвозвратному повреждению нуклеиновой кислоты. В зависимости от качества процедуры фиксации примерная длина изолированной нуклеиновой кислоты может варьироваться от 100 до 800 п.н. Это необходимо учитывать при разработке праймеров или других тест-систем. Большое значение для качественного выделения также имеет время и условия хранения парафиновых блоков с образцами.
What Is FFPE Tissue And What Are Its Uses
Formalin-Fixed Paraffin-Embedded (FFPE) tissue specimens have been a staple of research and therapeutic applications for decades.
FFPE is a form of preservation and preparation for biopsy specimens that aids in examination, experimental research, and diagnostic/drug development. A tissue sample is first preserved by fixing it in formaldehyde, also known as formalin, to preserve the proteins and vital structures within the tissue. Next, it is embedded in a paraffin wax block; this makes it easier to cut slices of required sizes to mount on a microscopic slide for examination. The process first starts by obtaining a tissue specimen.
Tissues are collected in a variety of formats, such as from both diseased and normal individual donors. Another method is matching a pair of samples from the same person. This is picking a diseased and healthy tissue from one person. Oncologists often compare an initial (or primary) tumor with samples from more distant metastatic tumors in a single patient. In some instances, four samples are obtained: healthy and diseased tissue for FFPE purposes and for freezing purposes.
A block of human tissue is excised for a patient or donor. Tissue can also be obtained from other animals, such as mice or even snakes. Ideally, the block measures only a few small centimeters, but this depends on the source of tissue and the nature of the extraction. Immediately after excision, the tissue is immersed in a solution of 10% neutral-buffered formalin for about 18-24 hours. This hardens the tissue to help it survive the following steps. To prepare for infiltration by wax, the tissue is dehydrated and cleared, often using increasing concentrates of ethanol. Then, it is embedded into IHC-grade paraffin, which is sold specifically for embedding formalin fixed tissues. The time of fixation is vital in FFPE – tissues fixed too soon after excision may be useless for molecular biology studies, but tissues must be fixed long enough to preserve them. Figure 1 shows an example of prepared tissue samples.
Figure 1: FFPE Tissue Samples Stored on Cassettes ( Twist BioScience )
Once the samples are acquired, they are handled with care to ensure that high quality is maintained. Failure to do so can result in a sample that exhibits unusual characteristics that may result in misleading deductions.
The method of preparation generally varies depending on the requirements outlined by the physician or researcher requesting the FFPE tissues, ranging from specifications about size, the purpose of tissue, or even how tissue is cut. For example, muscle can be cut along the “grain” of muscle fibers, or across them. A certified medical pathologist will be involved in the preparation of the sample, both to ensure the procedure is completed accurately, as well as to assess quality once the sample is complete.
Completed tissue samples are stored in tissue banks, such as in hospitals or research centers. It is good standard practice to keep useful records on when tissue was collected and preserved, along with demographic information about the tissue (such as age, ethnicity, gender of the donor, and origin, duration, stage of diseased tissue, etc). It is also critical to store information on signed consent forms and other legal documents pertaining to the tissue, which can have a definitive impact on whether FFPE tissue is usable in research or clinical trials.
FFPE tissue slides prepared properly are very durable and can be stored at room temperature for years, or even decades.
Applications of FFPE Tissue
FFPE tissues are frequently used in a technique called immunohistochemistry (IHC), in which tissue sections are mounted on a slide, and then bathed in a solution containing antibodies that will bind to specific proteins or structures. Stains can then be used to visualize the antibodies, which will show what proteins or structures are present in the sample, along with their location. This information can be critically important to a doctor looking for signs of diseases, such as cancer or Alzheimer’s disease. Information gained from IHC is also vital to most cancer research projects being done in labs today.
- The therapeutic areas where the formalin-fixed and paraffin embedded specimens are most commonly used are:Oncology: FFPE tissues are key to the study of oncology, or the study of cancer, as preserved tumor tissues exhibit very characteristic morphologies. Researchers often use FFPE tissue to look for specific proteins. The presence of these proteins can be used both for diagnosis and assessment on whether a therapeutic antibody is likely to be useful for treatment. FFPE tumor tissues should have a minimum tumor content of 60% unless indicated otherwise.
- Hematology: the use of FFPE tissues is vital for studying blood and related disorders. Hematology has paved the way for the discovery of many cures to diseases caused by anomalies in the blood and its components. Studies related to the bone marrow are applicable in toxicology, tissue regeneration, and genetics.
- Immunology: this study analyzes the responses of the immune system in the healthy and diseased state. Studying tissue samples from a person with an autoimmune disease makes it possible to determine the cause and develop medication for the defect.
- Comparative: samples from healthy donors, who have willed their bodies to science, are used for comparative purposes for all of the studies above. Often, as an alternative to diseased tissue, healthy tissue is necessary for research and development.
One possible complication to the formaldehyde fixation process is that it denatures the proteins present in the tissue, and this can make them invisible to antibodies developed to detect them. Antigen retrieval techniques have been developed to compensate for this. Recent techniques have been developed specifically to recover DNA, RNA, and proteins from FFPE tissue samples. This opens up a vast trove of preserved, annotated material that can be used for molecular biology and biochemistry studies, such as shown in figure 2.
Figure 2: FFPE Tissue Blocks Stored for Years until Needed ( TissueBank )
Future work will be done using FFPE tissues as a source of DNA, RNA, and proteins from archived and documented materials. The quality of the FFPE tissue is critical for this work. Even the most well preserved tissue will still have partially degraded DNA and RNA, and generally inactive proteins. Therefore, there will be a smaller selection of archived and healthy materials available.
FFPE Tissue vs Frozen Tissue
As an alternative to frozen tissues, FFPE tissues have some advantages:
- Storage: FFPE tissue can be stored with more cost-effective and simple methods. Long-term storage for frozen tissue can be difficult since freezers are expensive, require energy, and require frequent maintenance to keep from breaking down.
- Durability: frozen tissues deteriorate quickly in room temperature. They are also more fragile to handle then FFPE tissue samples, due to lack of preservation material.
- Multiple Uses: if a tissue sample requires staining and morphology study, using FFPE tissues is optimal as a single sample can handle being used for various studies
Although FFPE tissues may be advantageous to use in some situations, it is important to note that frozen tissues have important applications as well, such as in molecular analysis or native morphology studies. An example of research using frozen tissue is displayed in Figure 3. For more information on this topic please see our blog post titled FFPE Tissue vs Frozen Tissue .
Figure 3: Frozen Tissue Requires Special Treatment ( Northwestern University )
BioChain: Custom and Premade FFPE Tissue
BioChain offers a wide variety of FFPE tissue from difficult to obtain tissue sources in varying formats, such as individual slides, panels, and arrays containing up to hundreds of sections. Clinical history and demographic information is available for all tissues. Samples are sectioned at 5 micrometers and mounted on positively charged glass slides.
FFPE tissues are prepared using the highest standards in the field, including identification by our board-licensed pathologist using the sample repository network, established by IRB-approved ethical standards and procedures. Tissues undergo rigorous quality control measures to provide reliable and consistent samples in every preparation, including staining slides with H&E to ensure an excellent product.
BioChain also creates custom arrays tailored to the specific needs of customers, including procuring rare tissues and fixing them to slides. Custom services also include isolation of DNA, RNA, or protein from tissues used to create custom arrays, as shown in figure 4.
Figure 4: FDA Standard FFPE Tissue Array (Biochain Institute, Inc.)
BioChain’s CancerSeq™ FFPE tissues are tumor tissues that have been prescreened extensively for single nucleotide polymorphisms (SNPs), insertions & deletions (indels), and copy number variations (CNVs). Targeted Next Generation Sequencing (NGS), using cancer gene panels, was performed to identify mutations and mutational hotspots. These tissues are ideal for verification, genotyping, or identification of new mutational hotspots.
Набор ExtractDNA FFPE для выделения и очистки ДНК из срезов с FFPE-блоков и цитологических стеклопрепаратов
Набор предназначен для выделения ДНК из срезов с FFPE-блоков (отдельных или стеклопрепаратов), а также из цитологических стеклопрепаратов. Очистка ДНК осуществляется на микроцентрифужных колонках. Очищенная ДНК пригодна для ПЦР, ПЦР-РВ, ферментативных реакций, пробоподготовки для секвенирования методом Сэнгера и NGS.
- Нетоксичная депарафинизация;
- Инактивация клеточных нуклеаз протеиназой К;
- Очистка и концентрирование ДНК на колонках;
- Общее время выделения: от 3 часов 30 минут.
Метод: Депарафинизация с помощью термического воздействия и разделения фаз, лизис ткани, протеиназная обработка и экстракция ДНК в водный раствор. Сорбция и очистка ДНК на микроцентрифужной колонке, элюция ДНК в водный раствор.
- Нетоксичная депарафинизация;
- Инактивация клеточных нуклеаз протеиназой К;
- Очистка и концентрирование ДНК на колонках;
- Общее время выделения: от 3 часов 30 минут.
Модификации
Товар с ценой по запросу можно также разместить в корзину. Наш менеджер свяжется с Вами и уточнит цену. Заказ будет оформлен только в том случае, если Вас устроят все условия.
уточняйте у менеджера
25 980 р. 25 980 р. 25 980 р. 25980 25980 25980 RUB
Здесь вы можете увидеть расходные материалы для данного оборудования.
Здесь вы можете увидеть комплектующие для данного оборудования
×
ЗАПРОСИТЬ ЦЕНУ
Заполните форму, чтобы уточнить цену на Набор ExtractDNA FFPE для выделения и очистки ДНК из срезов с FFPE-блоков и цитологических стеклопрепаратов
Copyright © Helicon Company 2000-2023
Все права защищены.
Россия *7550 МТС, Билайн, Мегафон, Teле2 (звонок бесплатный)
121374 Москва, Кутузовский проспект, дом 88
×
ТОВАР ДОБАВЛЕН В КОРЗИНУ
×
Авторизация
Заполните поля, чтобы войти на сайт
×
ЗАКАЗАТЬ ЗВОНОК
Введите свои данные, чтобы наш специалист связался с вами по телефону в ближайшее время
×
ПОЛУЧИТЬ ПРОМОКОД
Введите свои данные, чтобы получить промокод
×
НАПОМНИТЬ МНЕ О СТАРТЕ АКЦИИ
Оставьте заявку, и мы пришлем вам напоминалки
×
Восстановить пароль
Введите свой e-mail и мы вышлем на него новый пароль
×
БЛАГОДАРИМ ВАС ЗА ПОКУПКУ
В ближайшее время Ваш заказ будет принят в обработку. Вы получите уведомление о передаче заказа в службу доставки на указанный в заказе электронный адрес.
Подробную информацию о заказе Вы можете посмотреть в разделе Личный кабинет — Мои заказы.
Для получения информации о сроках доставки, пожалуйста, нажмите здесь.
×
БЛАГОДАРИМ ВАС
×
Информация на сайте не является публичной офертой
Обращаем ваше внимание на то, что данный интернет-сайт носит исключительно информационный характер и ни при каких условиях не является публичной офертой, определяемой положениями Статьи 437 (2) Гражданского кодекса Российской Федерации.
Цены на сайте указаны в рублях с учетом НДС и округления в большую сторону до полного рубля. Окончательная цена товара указывается в документе на оплату товара.
Для получения подробной информации о наличии и стоимости указанных на сайте товаров и (или) услуг, пожалуйста, обращайтесь к менеджеру по телефону +7 (499) 705- 50-50 или по электронной почте: mail@helicon.ru
Cпасибо!
×
СОГЛАСИЕ НА ОБРАБОТКУ ПЕРСОНАЛЬНЫХ ДАННЫХ
Я, регистрируясь на сайте helicon.ru, а также заполняя анкету с моими персональными данными, в разделах Сайта принимаю настоящее Согласие на обработку персональных данных (далее – Согласие).
Принятием (акцептом) оферты Согласия является моя регистрация на сайте helicon.ru.
Настоящим Согласием я в соответствии с Федеральным законом №152-ФЗ «О персональных данных», свободно, в своей воле и в своем интересе выражаю свое безусловное согласие на обработку моих персональных данных ООО «Компания Хеликон» (ОГРН 1057746034642/ ИНН 7704543951), которому принадлежит сайт helicon.ru, и которое расположено по адресу: 119619, Москва г, Новомещерский проезд, дом 9, строение 1, комната 11 (далее- Оператор).
Персональные данные – это любая информация, относящаяся прямо или косвенно к определенному или определяемому на основании такой информации физическому лицу.
Настоящее согласие выдано мной на обработку следующих моих персональных данных:
— фамилия, имя, отчество;
— номер контактного телефона;
— адрес электронной почты;
Настоящее Согласие дано Оператору для совершения следующих действий с моими персональными данными с использованием средств автоматизации и/или без использования таких средств: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновлением, изменение), извлечение, использование, обезличивание, передача третьим лицам для указанных ниже целей, а также для осуществления любых иных действий, предусмотренных Федеральным законом №152-ФЗ «О персональных данных».
Данное Согласие дается Оператору и другим лицам, действующим по поручению Оператора для обработки моих персональных данных в следующих целях:
— регистрации (авторизации) Пользователя на Сайте;
— получения Пользователем рекламных рассылок Оператора, в том числе рассылок о товарах и услугах, предлагаемых Оператором, а также о рекламных акциях и компаниях, проводимых Оператором;
— получения Пользователем новостных рассылок Оператора, в том числе информации о профессиональных мероприятиях (конференциях, семинарах и прочее), проводимых Оператором или тех, в которых Оператор планирует участвовать, а также предложений о возможности участия Пользователя в указанных мероприятиях;
Настоящим я даю свое согласие на получение рекламных и/или новостных рассылок, Оператора путем направления сообщений по электронной почте, смс-уведомлений, по средствам почтовой и телефонной связи.
Обработка персональных данных осуществляется в соответствии с Конституцией Российской Федерации, Федеральным законом №152-ФЗ «О персональных данных», Политикой ООО «Компания Хеликон» в отношении обработки и защиты персональных данных, Пользовательским соглашением ООО «Компания Хеликон» к сайту Интернет-магазина «www.helicon.ru».
Настоящее согласие действует до момента его отзыва путем направления мной соответствующего уведомления на адреса электронной почты: mail@helicon.ru или по адресу: 119619, Москва г, Новомещерский проезд, дом 9, строение 1, комната 11.
В случае отзыва мною настоящего Согласия Оператор вправе продолжить обработку моих персональных данных без моего согласия при наличии оснований, указанных в п.2- п.11 ч. 1 ст. 6, ч.2 ст.10 и ч.2 ст.11 Федерального закона №152-ФЗ «О персональных данных».
Подтверждаю, что ознакомлен (а) с положениями Федерального закона от 27.07.2006 №152-ФЗ «О персональных данных», права и обязанности в области защиты персональных данных мне понятны.
ПОЛЬЗОВАТЕЛЬСКОЕ СОГЛАШЕНИЕ
город Москва
30.06.2017 год
1. ОБЩИЕ ПОЛОЖЕНИЯ
1.1. Настоящее Пользовательское соглашение (далее – Соглашение) относится к сайту «www.helicon.ru», расположенному по адресу http://www.helicon.ru, и ко всем соответствующим сайтам, связанным с сайтом http://www.helicon.ru.
1.2. Сайт «www.helicon.ru» (далее – Сайт) является собственностью Общества с ограниченной ответственностью «Компания Хеликон» (Собственник Сайта).
1.3. Настоящее Соглашение регулирует отношения между Администрацией сайта «www.helicon.ru» (далее – Администрация сайта) и Пользователем данного Сайта.
1.4. Администрация сайта оставляет за собой право в любое время изменять, добавлять или удалять пункты настоящего Соглашения без уведомления Пользователя.
1.5. Для получения обратной связи от Администрации Сайта Пользователь осуществляет следующие действия:
1.5.1. регистрация на сайте путем заполнения соответствующей анкеты и/или заполнение формы обратной связи;
1.5.2. собственноручного проставления Пользователем с помощью компьютерной мышки символа «V» на Сайте «Настоящим в соответствии с Федеральным законом № 152-ФЗ «О персональных данных» от 27.07.2006, отправляя данную форму, я подтверждаю свое согласие на обработку персональных данных, ознакомлен с Политикой ООО «Компания Хеликон» в отношении обработки и защиты персональных данных, а также принимаю и обязуюсь соблюдать Пользовательское соглашение к сайту».
1.6. Регистрация Пользователя считается завершенной с момента перехода Пользователя по электронной ссылке, подтверждающей регистрацию на Сайте и собственноручного введения Пользователем уникального кода, полученного от Администрации сайта на адрес электронной почты Пользователя.
1.7. Все действия, совершенные на Сайте Пользователем, считаются совершенными тем лицом данные которого указаны при регистрации/ заполнения формы обратной связи Пользователем.
1.8. Использование материалов и сервисов Сайта регулируется нормами действующего законодательства Российской Федерации.
2. ОПРЕДЕЛЕНИЯ ТЕРМИНОВ
2.1. Перечисленные ниже термины имеют для целей настоящего Соглашения следующее значение:
2.1.1 «www.helicon.ru» – сайт, расположенный на доменном имени http://www.helicon.ru, осуществляющий свою деятельность посредством Интернет-ресурса и сопутствующих ему сервисов. Сайт содержащит информацию о Товарах, Услугах, Продавце, позволяющий осуществить выбор, заказ и (или) приобретение Товара.
2.1.2. Администрация сайта – уполномоченные сотрудники на управление Сайтом, действующие от имени ООО «Компания Хеликон».
2.1.3. Пользователь сайта (далее Пользователь) – лицо, имеющее доступ к Сайту, посредством сети Интернет и использующее Сайт, субъет персональных данных.
2.1.4. Содержание сайта (далее – Содержание) — охраняемые результаты интеллектуальной деятельности, включая тексты литературных произведений, их названия, предисловия, аннотации, статьи, иллюстрации, обложки, музыкальные произведения с текстом или без текста, графические, текстовые, фотографические, производные, составные и иные произведения, пользовательские интерфейсы, визуальные интерфейсы, названия товарных знаков, логотипы, программы для ЭВМ, базы данных, а также дизайн, структура, выбор, координация, внешний вид, общий стиль и расположение данного Содержания, входящего в состав Сайта и другие объекты интеллектуальной собственности все вместе и/или по отдельности, содержащиеся на сайте Интернет-магазина.
2.1.5. Персональные данные – любая информация, относящаяся прямо или косвенно к определенному или определяемому физическому лицу (субъекту персональных данных). В настоящем Соглашении под персональными данными Пользователя понимаются, в том числе, указанные в разделе Сайта «Регистрация» им лично:
— фамилия, имя, отчество;
— номер контактного телефона;
— адрес электронной почты;
2.1.7. Обработка персональных данных – любое действие (операция) или совокупность действий (операций), совершаемых с использованием средств автоматизации или без использования таких средств с персональными данными, включая сбор, запись, систематизацию, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передачу (распространение, предоставление, доступ), обезличивание, блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.
2.1.8. Оператор – организация, самостоятельно или совместно с другими лицами организующая обработку персональных данных, а также определяющая цели обработки персональных данных, подлежащих обработке, действия (операции), совершаемые с персональными данными. Оператором является собственник Сайта – Общество с ограниченной ответственностью «Компания Хеликон», зарегистрированное по адресу: 119619, Москва г, Новомещерский проезд, дом 9, строение 1, комната 11.
2.1.9. Политика ООО «Компания Хеликон» в отношении обработки и защиты персональных данных – локально-нормативный акт ООО «Компания Хеликон» составленный в соответствии с Конституцией РФ, Федеральным законом «О персональных данных» № 152-ФЗ от 27 июля 2006 г., а также иными нормативно-правовыми актами Российской Федерации в области защиты и обработки персональных данных и действующих в отношении всех персональных данных, которые Оператор может получить от субъекта персональных данных, являющегося Пользователем Сайта, стороной по гражданско-правовому договору, а также участником выставки, семинара, конференции и иных профессиональных мероприятий (далее — участник мероприятия) с участием Оператора.
3. ПРЕДМЕТ СОГЛАШЕНИЯ
3.1. Предметом настоящего Соглашения является предоставление Пользователю Сайта доступа к информации о содержащихся на Сайте Товарам и оказываемым услугам.
3.1.1. Сайт предоставляет Пользователю следующие виды услуг (сервисов):
• доступ к средствам поиска и навигации Сайта;
• доступ к информации о Товаре и к информации о приобретении Товара на платной основе;
• иные виды услуг (сервисов), реализуемые Собственником Сайта, указанных на страницах Сайта.
3.1.2. Под действие настоящего Соглашения подпадают все существующие (реально функционирующие) на данный момент услуги (сервисы), а также любые их последующие модификации и появляющиеся в дальнейшем дополнительные услуги (сервисы) Сайта.
3.2. Доступ к Сайту предоставляется на безвозмездной основе.
4. ПРАВА И ОБЯЗАННОСТИ
4.1. Администрация сайта вправе:
4.1.1. Изменять правила пользования Сайтом, а также изменять содержание данного Сайта. Изменения вступают в силу с момента публикации новой редакции Соглашения на Сайте.
4.1.2.Осуществлять информационные, рекламные оповещения Пользователя путем рассылки по электронной почте, по телефону и смс-оповещений.
4.2. Пользователь вправе:
4.2.1. Получить доступ к использованию Сайта.
4.2.2. Зарегистрироваться на Сайте, получать обратную связь от Администрации Сайта
4.2.3.Пользоваться всеми имеющимися на Сайте услугами, а также делать запрос о возможном приобретении определенных Товаров, услугах, размещенных на Сайте.
4.2.4. Задавать любые вопросы, относящиеся к товарам, услугам, размещенных на Сайте по реквизитам, которые находятся в разделе Сайта «Контакты».
4.2.5. Пользоваться Сайтом исключительно в целях и порядке, предусмотренных Соглашением и не запрещенных законодательством Российской Федерации.
4.3. Пользователь Сайта обязуется:
4.3.1. Предоставлять по запросу Администрации сайта дополнительную информацию, которая имеет непосредственное отношение к предоставляемым услугам, размещенных на Сайте.
4.3.2. Соблюдать имущественные и неимущественные права авторов и иных правообладателей при использовании Сайта.
4.3.3. Не предпринимать действий, которые могут рассматриваться как нарушающие нормальную работу Сайта.
4.3.4. Не распространять с использованием Сайта любую конфиденциальную и охраняемую законодательством Российской Федерации информацию о физических либо юридических лицах.
4.3.5. Избегать любых действий, в результате которых может быть нарушена конфиденциальность охраняемой законодательством Российской Федерации информации.
4.3.6. Не использовать Сайт для распространения информации рекламного характера, иначе как с согласия Администрации сайта.
4.3.7. Не использовать сервисы Сайта с целью представления себя за другого человека или представителя организации и (или) сообщества без достаточных на то прав, в том числе за сотрудников данного Сайта.
4.4. Пользователю запрещается:
4.4.1. Использовать любые устройства, программы, процедуры, алгоритмы и методы, автоматические устройства или эквивалентные ручные процессы для доступа, приобретения, копирования или отслеживания содержания Сайта данного Интернет-магазина;
4.4.2. Нарушать надлежащее функционирование Сайта;
4.4.3. Любым способом обходить навигационную структуру Сайта для получения или попытки получения любой информации, документов или материалов любыми средствами, которые специально не представлены сервисами данного Сайта;
4.4.4. Несанкционированный доступ к функциям Сайта, любым другим системам или сетям, относящимся к данному Сайту, а также к любым услугам, предлагаемым на Сайте;
4.4.4. Нарушать систему безопасности или аутентификации на Сайте или в любой сети, относящейся к Сайту.
4.4.5. Выполнять обратный поиск, отслеживать или пытаться отслеживать любую информацию о любом другом Пользователе Сайта.
4.4.6. Использовать Сайт и его Содержание в любых целях, запрещенных законодательством Российской Федерации, а также подстрекать к любой незаконной деятельности или другой деятельности, нарушающей права интернет-магазина или других лиц.
5. ИСПОЛЬЗОВАНИЕ САЙТА
5.1. Сайт и Содержание, входящее в состав Сайта, принадлежит и управляется Администрацией сайта.
5.2. Содержание Сайта не может быть скопировано, опубликовано, воспроизведено, передано или распространено любым способом, а также размещено в глобальной сети «Интернет» без предварительного письменного согласия Администрации сайта.
5.3. Содержание Сайта защищено авторским правом, законодательством о товарных знаках, а также другими правами, связанными с интеллектуальной собственностью, и законодательством о защите конкуренции.
5.4. Приобретение Товара, предлагаемого на Сайте, требует создания учётной записи и регистрации Пользователя на Сайте.
5.5. Направление запросов, вопросов, комментарий и прочее в адрес Администрации Сайта требует заполнение формы обращения.
5.6. Пользователь несет персональную ответственность за сохранение конфиденциальности информации учётной записи, включая пароль, а также за всю без исключения деятельность, которая ведётся от имени Пользователя учётной записи.
5.7. Пользователь должен незамедлительно уведомить Администрацию сайта о несанкционированном использовании его учётной записи или пароля, или любом другом нарушении системы безопасности.
5.8. Информация, размещаемая на Сайте не должна истолковываться как изменение настоящего Соглашения.
5.9. Администрация сайта имеет право в любое время без уведомления Пользователя вносить изменения в перечень Товаров и услуг, предлагаемых на Сайте, и (или) в цены, применимые к таким Товарам по их реализации и (или) оказываемым услугам Интернет-магазином.
5.10. Документы, указанные в пунктах 5.10.1 — 5.10.2 настоящего Соглашения регулируют в соответствующей части и распространяют свое действие на Пользователя Сайта.
5.10.1. Политика ООО «Компания Хеликон» в отношении обработки и защиты персональных данных;
5.10.2. Согласие на обработку персональных данных.
5.11. Любой из документов, перечисленных в пункте 5.10. настоящего Соглашения может подлежать обновлению. Изменения вступают в силу с момента их опубликования на Сайте.
5.12. Пользователь несет персональную ответственность за своевременное ознакомление с настоящим Соглашением, а также документами, перечисленными в п.5.10. настоящего Соглашения, включая все изменения и дополнения к нему.
6.1. Любые убытки, которые Пользователь может понести в случае умышленного или неосторожного нарушения любого положения настоящего Соглашения, а также вследствие несанкционированного доступа к коммуникациям другого Пользователя, Администрацией сайта не возмещаются.
6.2. Администрация сайта не несет ответственности за:
6.2.1. Задержки или сбои в процессе совершения операции, возникшие вследствие непреодолимой силы, а также любого случая неполадок в телекоммуникационных, компьютерных, электрических и иных смежных системах.
6.2.2. Действия систем переводов, банков, платежных систем и за задержки, связанные с их работой.
6.2.3. Надлежащее функционирование Сайта, в случае, если Пользователь не имеет необходимых технических средств для его использования, а также не несет никаких обязательств по обеспечению пользователей такими средствами.
7. СОГЛАСИЕ ПОЛЬЗОВАТЕЛЯ НА ПОЛУЧЕНИЕ ИНФОРМАЦИОННЫХ И РЕКЛАМНЫХ СООБЩЕНИЙ
7.1. Принимая настоящее Соглашение, Пользователь Сайта дает согласие на получение информационных, рекламных сообщений о планируемых к проведению семинаров, конференций иных профессиональных мероприятий, о товарах и услугах, а также о проведении рекламных акций, кампаний, маркетинговых исследований и иной любой другой информации.
7.2. Пользователь Сайта дает свое согласие на получение информационных и рекламных сообщений путем рассылки по электронной почте.
8. СОГЛАСИЕ ПОЛЬЗОВАТЕЛЯ НА ОБРАБОТКУ ПЕРСОНАЛЬНЫХ ДАННЫХ
8.1. Персональные данные Пользователя предоставляются путем заполнения соответствующих данных в разделах Сайта.
8.2. Ответственность за правомерность и достоверность персональных данных Пользователя несет исключительно предоставившее их лицо. Администрация Сайта/ Оператор не принимает на себя никаких обязательств по проверке персональных данных, указанных Пользователем.
8.3. Целями обработки Администрацией Сайта/ Оператором персональных данных Пользователя является: регистрация (авторизация) Пользователя на Сайте; информирования о товарах, услугах Общества, продвижения товаров и услуг Общества, информирования о профессиональных мероприятиях, маркетинговых исследованиях, рекламных акциях и прочее путем направления рекламных и новостных рассылок: смс — сообщений, сообщений на адрес электронной почты, почтовой и телефонной связи.
8.4. Предоставление Пользователем своих персональных данных Администрации Сайта рассматривается как данное субъектом своих персональных данных информированное и сознательное согласие на обработку персональных данных Оператором, а также третьими лицами, осуществляющими обработку персональных данных по поручению Оператора. Указанное согласие дается Пользователем свободно, своей волей и в своем интересе.
8.5. Принимая настоящее Соглашение, Пользователь дает свое согласие на:
8.5.1. обработку персональных данных, как без использования средств автоматизации, так и с их использованием;
8.5.2. передачу своих персональных данных другим лицам, осуществляющим обработку персональных данных по поручению Оператора (Партнеры).
8.6. Администрация Сайта/Оператор гарантирует необходимые меры защиты персональных данных от несанкционированного доступа. Все персональные данные, сообщенные Пользователем при регистрации на Сайте, будут храниться и обрабатываться администрацией и ее Партнерами в соответствии с действующим законодательством РФ, Политикой ООО «Компания Хеликон» в отношении обработки и защиты персональных данных, указанных в настоящем Соглашении.
8.7. Пользователь может в любой момент расторгнуть настоящее Соглашение в одностороннем порядке и отозвать свое согласие на обработку персональных данных Администрацией сайта/Оператором, подав письменное заявление в произвольной форме, направив его заказным письмом с уведомление по следующему адресу: 119619, Москва г., Новомещерский проезд, дом 9, строение 1, комната 11 или по электронной почте: mail@helicon.ru.
8.8. Сроки хранения персональных данных Пользователей на Сайте с момента регистрации Пользователя на сайте и до тех пор, пока Пользователь не заявит о своем желании удалить свои персональные данные с Сайта.
9. НАРУШЕНИЕ УСЛОВИЙ ПОЛЬЗОВАТЕЛЬСКОГО СОГЛАШЕНИЯ
9.1. Администрация сайта имеет право раскрыть любую информацию о Пользователе, которую посчитает необходимой для выполнения положений действующего законодательства или судебных решений, обеспечения выполнения условий настоящего Соглашения, защиты прав или безопасности ООО «Компания Хеликон», Пользователей.
9.2. Администрация сайта имеет право раскрыть информацию о Пользователе, если действующее законодательство Российской Федерации требует или разрешает такое раскрытие.
9.3. Администрация сайта вправе без предварительного уведомления Пользователя прекратить и (или) заблокировать доступ к Сайту, если Пользователь нарушил настоящее Соглашение или содержащиеся в иных документах условия пользования Сайтом, а также в случае прекращения действия Сайта либо по причине технической неполадки или проблемы.
9.4. Администрация сайта не несет ответственности перед Пользователем или третьими лицами за прекращение доступа к Сайту в случае прекращения его действия или технической неполадки/проблемы, а также в случае нарушения Пользователем любого положения настоящего Соглашения или иного документа, содержащего условия пользования Сайтом.
10. РАЗРЕШЕНИЕ СПОРОВ
10.1. В случае возникновения любых разногласий или споров между Сторонами настоящего Соглашения обязательным условием до обращения в суд является предъявление претензии (письменного предложения о добровольном урегулировании спора).
10.2. Получатель претензии в течение 30 календарных дней со дня ее получения, письменно уведомляет заявителя претензии о результатах рассмотрения претензии.
10.3. При невозможности разрешить спор в добровольном порядке любая из Сторон вправе обратиться в суд за защитой своих прав, которые предоставлены им действующим законодательством Российской Федерации.
10.4. Любой иск в отношении условий использования Сайта должен быть предъявлен в течение срока исковой давности после возникновения оснований для иска, за исключением защиты авторских прав на охраняемые в соответствии с законодательством материалы Сайта. При нарушении условий данного пункта любой иск или основания для иска погашаются истечением срока исковой давности.
11. ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛОВИЯ
11.1. Администрация сайта не принимает встречные предложения от Пользователя относительно изменений настоящего Пользовательского соглашения.
приказом Генерального директора
ООО «Компания Хеликон»
от 30 июня 2017 г. №10
ПОЛИТИКА В ОТНОШЕНИИ ОБРАБОТКИ ПЕРСОНАЛЬНЫХ ДАННЫХ
1. Общие положения
1.1. Настоящая Политика в отношении обработки и защиты персональных данных (далее – Политика) составлена в соответствии с Конституцией РФ, Федеральным законом «О персональных данных» № 152-ФЗ от 27 июля 2006 г., а также иными нормативно-правовыми актами Российской Федерации в области защиты и обработки персональных данных и действует в отношении всех персональных данных, которые ООО «Компания Хеликон» (далее – Оператор, Общество) может получить от субъекта персональных данных, являющегося Пользователем Сайта, стороной по гражданско-правовому договору, а также участником выставки, семинара, конференции и иных профессиональных мероприятий (далее — участник мероприятия) с участием Оператора.
1.2. Оператор обеспечивает защиту обрабатываемых персональных данных от несанкционированного доступа и разглашения, неправомерного использования или утраты в соответствии с требованиями Федерального закона от 27 июля 2006 г. № 152-ФЗ «О персональных данных».
1.3. Политика устанавливает обязательные для сотрудников Оператора, задействованных в обслуживании Сайта, в сборе анкет участников мероприятий, в заключении гражданско-правового договора общие требования и правила по работе с персональными данными субъекта персональных данных не зависимо от вида носителя информации, содержащего такие данные.
1.4. Оператор имеет право вносить изменения в настоящую Политику. При внесении изменений в Политику указывается дата последнего обновления редакции. Новая редакция Политики вступает в силу с момента ее размещения на Сайте, если иное не предусмотрено новой редакцией Политики.
2. Термины и определения
Сайт – совокупность программных и аппаратных средств для ЭВМ, обеспечивающих публикацию для всеобщего обозрения информации и данных, объединенных общим целевым назначением, посредством технических средств, применяемых для связи между ЭВМ в сети Интернет. Под Сайтом в Соглашении понимается Сайт, расположенный в сети Интернет по адресу: http://www.helicon.ru.
Пользователь – пользователь сети Интернет и, в частности, Сайта, имеющий свою личную страницу (профиль/аккаунт).
Федеральный закон – Федеральный закон от 27 июля 2006 г. № 152 ФЗ «О персональных данных».
Персональные данные – любая информация, относящаяся прямо или косвенно к определенному или определяемому физическому лицу (субъекту персональных данных).
Оператор – организация, самостоятельно или совместно с другими лицами организующая обработку персональных данных, а также определяющая цели обработки персональных данных, подлежащих обработке, действия (операции), совершаемые с персональными данными. Оператором является Общество с ограниченной ответственностью «Компания Хеликон», расположенное по адресу: 119619, Москва г, Новомещерский проезд, дом 9, строение 1, комната 11.
Обработка персональных данных – любое действие (операция) или совокупность действий (операций), совершаемых с использованием средств автоматизации или без использования таких средств с персональными данными, включая сбор, запись, систематизацию, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передачу (распространение, предоставление, доступ), обезличивание, блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.
Автоматизированная обработка персональных данных – обработка персональных данных с помощью средств вычислительной техники.
Неавтоматизированная обработка персональных данных – обработка персональных данный без средств автоматизации.
Распространение персональных данных – действие, направленное на раскрытие персональных данных определенному кругу лиц по предварительному согласию, в случаях, предусмотренных законом.
Предоставление персональных данных – действия, направленные на раскрытие персональных данных определенному лицу или определенному кругу лиц.
Блокирование персональных данных – временное прекращение обработки персональных данных (за исключением случаев, если обработка необходима для уточнения персональных данных).
Уничтожение персональных данных – действия, в результате которых становится невозможным восстановить содержание персональных данных в информационной системе персональных данных и/или в результате которых уничтожаются материальные носители персональных данных.
Обезличивание персональных данных – действия, в результате которых становится невозможным без использования дополнительной информации определить принадлежность персональных данных к конкретному субъекту персональных данных.
Информационная система персональных данных – совокупность содержащихся в базах данных персональных данных и обеспечивающих их обработку информационных технологий и технических средств.
3. Цели Политики
3.1. Целями Политики являются:
3.1.1. Обеспечение требований защиты прав и свобод человека и гражданина при обработке персональных данных, в том числе защиты прав на неприкосновенность частной жизни, личную и семейную тайну.
3.1.2. Исключение несанкционированных действий сотрудников Оператора и любых третьих лиц по сбору, систематизации, накоплению, хранению, уточнению (обновлению, изменению) персональных данных, иных форм незаконного вмешательства в информационные ресурсы и локальную вычислительную сеть Оператора, обеспечение правового и нормативного режима конфиденциальности документированной и недокументированной информации субъекта персональных данных; защита конституционных прав граждан на личную тайну, конфиденциальность сведений, составляющих персональные данные, и предотвращение возникновения возможной угрозы безопасности Пользователей Сайта, участников мероприятий, стороны гражданско-правового договора.
4. Принципы, условия и цели обработки персональных данных
4.1. Принципы обработки персональных данных:
4.1.1. Обработка персональных данных должна осуществляться на законной и справедливой основе.
4.1.2. Обработка персональных данных должна ограничиваться достижением конкретных, заранее определенных и законных целей. Не допускается обработка персональных данных, несовместимая с целями сбора персональных данных.
4.1.3. Не допускается объединение баз данных, содержащих персональные данные, обработка которых осуществляется в целях, несовместимых между собой.
4.1.4. Обработке подлежат только персональные данные, которые отвечают целям их обработки.
4.1.5. Содержание и объем обрабатываемых персональных данных должны соответствовать заявленным целям обработки. Обрабатываемые персональные данные не должны быть избыточными по отношению к заявленным целям их обработки.
4.1.6. При обработке персональных данных должны быть обеспечены точность персональных данных, их достаточность, а в необходимых случаях и актуальность по отношению к целям обработки персональных данных.
4.1.7. Хранение персональных данных должно осуществляться не дольше, чем этого требуют цели обработки персональных данных, если срок хранения персональных данных не установлен Федеральным законом, договором и иными документами, стороной которого является субъект персональных данных.
4.1.8. Обрабатываемые персональные данные подлежат уничтожению либо обезличиванию по достижении целей обработки или в случае утраты необходимости в достижении этих целей, если иное не предусмотрено Федеральным законом.
4.2. Условия обработки персональных данных:
4.2.1. Обработка персональных данных субъектов персональных данных осуществляется на основании Гражданского кодекса РФ, Конституции РФ, Федерального закона «О персональных данных» № 152-ФЗ от 27 июля 2006 г., а также иных нормативно-правовых актов Российской Федерации в области защиты и обработки персональных данных.
4.2.2. Обработка персональных данных допускается только с согласия субъекта персональных данных на их обработку.
4.2.3. Обработка персональных данных допускается в следующих случаях:
4.2.3.1. Обработка персональных данных необходима для использования Сайта Пользователем;
4.2.3.2. Обработка персональных данных необходима для информирования субъекта персональных данных о товарах и услугах Общества, скидках и рекламных акциях, а также о профессиональных мероприятиях, выставках, конференциях, семинарах, маркетинговых исследованиях и прочее.
4.2.3.3. Обработка персональных данных необходима для целей заключения гражданско-правового договора;
4.2.3.4. Обработка персональных данных необходима для защиты жизни, здоровья или иных жизненно важных интересов субъекта персональных данных, если получение согласия невозможно.
4.2.3.5. Обработка персональных данных необходима для осуществления прав и законных интересов Оператора или третьих лиц либо для достижения общественно значимых целей при условии, что при этом не нарушаются права и свободы субъекта персональных данных.
4.2.3.6. Обработка персональных данных осуществляется в статистических или иных исследовательских целях, в том числе в целях продвижения товаров, работ, услуг Общества.
4.3. Цели обработки персональных данных:
4.3.1. Обработка персональных данных субъекта персональных данных осуществляется исключительно в целях предоставления Пользователю возможности взаимодействовать с Сайтом; заключения гражданско-правового договора; информирования о товарах, услугах Общества, продвижения товаров и услуг Общества, информирования о профессиональных мероприятиях, маркетинговых исследованиях, рекламных акциях и прочее путем направления рекламных и новостных рассылок: смс — сообщений, сообщений на адрес электронной почты, почтовой и телефонной связи.
5. Источники получения персональных данных
5.1. Источником информации обо всех персональных данных субъекта персональных данных является непосредственно сам субъект персональных данных.
5.2. Источником информации о персональных данных субъекта персональных данных являются сведения, полученные в следствие:
5.2.1. регистрации Пользователя на Сайте и предоставления Оператором Пользователю прав пользования Сайтом;
5.2.2. заполнения анкеты участника на выставках и профессиональных мероприятиях;
5.2.3. передачи персональных данных при заключении гражданско-правового договора.
5.3. Персональные данные относятся к конфиденциальной информации ограниченного доступа.
5.4. Обеспечения конфиденциальности персональных данных не требуется в случае их обезличивания, а также в отношении общедоступных персональных данных.
5.5. Оператор не имеет права собирать и обрабатывать персональные данные субъекта персональных данных о его расовой, национальной принадлежности, политических взглядах, религиозных или философских убеждениях, частной жизни, за исключением случаев, предусмотренных действующим законодательством.
5.6. Оператор не имеет права получать и обрабатывать персональные данные субъекта персональных данных о его членстве в общественных объединениях или его профсоюзной деятельности, за исключением случаев, предусмотренных Федеральным законом.
6. Способы обработки персональных данных
6.1. Персональные данные Пользователей Сайта обрабатываются с использованием средств автоматизации.
6.2. Персональные данные субъекта персональных данных, полученные Оператором, согласно п.5.2.2. и п.5.2.3. настоящей Политики обрабатываются как с использованием средств автоматизации так без таковых.
7. Права субъекта персональных данных
7.1. Субъект персональных данных имеет право на получение сведений об Операторе, о месте его нахождения, о наличии у Оператора персональных данных, относящихся к конкретному субъекту персональных данных, а также на ознакомление с такими персональными данными, за исключением случаев, предусмотренных частью 8 статьи 14 Федерального закона «О персональных данных».
7.2. Субъект персональных данных имеет право на получение от Оператора при личном обращении к нему либо при получении Оператором письменного запроса от субъекта персональных данных следующей информации, касающейся обработки его персональных данных, в том числе содержащей:
7.2.1 Подтверждение факта обработки персональных данных Оператором, а также цель такой обработки.
7.2.2. Правовые основания и цели обработки персональных данных.
7.2.3. Цели и применяемые Оператором способы обработки персональных данных.
7.2.4. Наименование и место нахождения Оператора, сведения о лицах (за исключением работников оператора), которые имеют доступ к персональным данным или которым могут быть раскрыты персональные данные на основании договора с Оператором или на основании Федерального закона.
7.2.5. Обрабатываемые персональные данные, относящиеся к соответствующему субъекту персональных данных, источник их получения, если иной порядок предоставления таких данных не предусмотрен Федеральным законом.
7.2.6. Сроки обработки персональных данных, в том числе сроки их хранения.
7.2.7. Порядок осуществления субъектом персональных данных прав, предусмотренных Федеральным законом.
7.2.8. Информацию об осуществленной или о предполагаемой трансграничной передаче данных.
7.2.9. Наименование или фамилию, имя, отчество и адрес лица, осуществляющего обработку персональных данных по поручению Оператора, если обработка поручена или будет поручена такому лицу.
7.2.10. Иные сведения, предусмотренные Федеральным законом или другими федеральными законами.
7.2.11. Требовать изменения, уточнения, уничтожения информации о самом себе.
7.2.12. На дополнение персональных данных оценочного характера заявлением, выражающим его собственную точку зрения.
7.2.13. Определять представителей для защиты своих персональных данных.
7.2.14. Требовать от Оператора уведомления обо всех произведенных в них изменениях или исключениях из них.
7.3. Субъект персональных данных имеет право обжаловать в уполномоченном органе по защите прав субъектов персональных данных или в судебном порядке действия или бездействие Оператора, если считает, что последний осуществляет обработку его персональных данных с нарушением требований Федерального закона «О персональных данных» или иным образом нарушает его права и свободы.
7.4. Субъект персональных данных имеет право на защиту своих прав и законных интересов, в том числе на возмещение убытков и (или) компенсацию морального вреда в судебном порядке.
8. Обязанности и права Оператора
8.1. По факту личного обращения либо при получении письменного запроса субъекта персональных данных или его представителя Оператор обязан в течение 30 дней с получения запроса субъекта персональных данных или его представителя предоставить сведения в объеме, установленном Федеральным законом. Такие сведения должны быть предоставлены субъекту персональных данных в доступной форме, и в них не должны содержаться персональные данные, относящиеся к другим субъектам персональных данных, за исключением случаев, если имеются законные основания для раскрытия таких персональных данных.
8.2. Все обращения субъектов персональных данных или их представителей по вопросам обработки персональных данных регистрируются в Журнале учета обращений граждан (субъектов персональных данных).
8.3. В случае отказа в предоставлении субъекту персональных данных или его представителю при обращении либо при получении запроса субъекта персональных данных или его представителя информации о наличии персональных данных о соответствующем субъекте персональных данных Оператор обязан дать в письменной форме мотивированный ответ, содержащий ссылку на положение части 8 статьи 14 Федерального закона «О персональных данных» или иного федерального закона, являющееся основанием для такого отказа, в срок, не превышающий 30 дней с даты получения запроса субъекта персональных данных или его представителя.
8.4. В случае получения запроса от уполномоченного органа по защите прав субъектов персональных данных о предоставлении информации, необходимой для осуществления деятельности указанного органа, Оператор обязан сообщить такую информацию в уполномоченный орган в течение 30 дней с даты получения такого запроса.
8.5. В случае выявления неправомерной обработки персональных данных при обращении или по запросу субъекта персональных данных или его представителя либо уполномоченного органа по защите прав субъектов персональных данных Оператор обязан осуществить блокирование неправомерно обрабатываемых персональных данных, относящихся к этому субъекту персональных данных, с момента такого обращения или получения указанного запроса на период проверки.
8.6. В случае выявления неправомерной обработки персональных данных, осуществляемой Оператором, последний в срок, не превышающий трех рабочих дней с даты этого выявления, обязан прекратить неправомерную обработку персональных данных. Об устранении допущенных нарушений Оператор обязан уведомить субъекта персональных данных или его представителя, а в случае если обращение субъекта персональных данных или его представителя либо запрос уполномоченного органа по защите прав субъектов персональных данных были направлены уполномоченным органом по защите прав субъектов персональных данных, также указанный орган.
8.7. В случае достижения цели обработки персональных данных Оператор обязан прекратить обработку персональных данных и уничтожить персональные данные в срок, не превышающий 30 рабочих дней с даты достижения цели обработки персональных данных, если иное не предусмотрено договором, стороной которого является субъект персональных данных.
8.8. Запрещается принятие на основании исключительно автоматизированной обработки персональных данных решений, порождающих юридические последствия в отношении субъекта персональных данных или иным образом затрагивающих его права и законные интересы без согласия субъекта персональных данных в письменной форме.
8.9. Оператор вправе поручать обработку персональных данных другому лицу в соответствии с ч.3 ст.6 Федерального закона «О персональных данных» с согласия субъекта персональных данных. Ответственность перед субъектом персональных данных за действия другого лица, осуществляющего обработку персональных данных субъекта, несет Оператор.
9. Режим конфиденциальности
9.1. Оператор обеспечивает конфиденциальность и безопасность персональных данных при их обработке в соответствии с требованиями законодательства РФ.
9.2. Оператор не раскрывает третьим лицам и не распространяет персональные данные без согласия на это субъекта персональных данных, если иное не предусмотрено Федеральным законом.
9.3. Персональные данные субъекта персональных данных являются конфиденциальной информацией.
9.4. Лица, осуществляющие обработку персональных данных, обязаны соблюдать требования регламентирующих документов Оператора в части обеспечения конфиденциальности и безопасности персональных данных.
FFPE Samples – Human Tissue Specimen Preparation
Many of today’s researchers prefer to use FFPE samples of tissues for their IHC, histological or in-situ genomic analyses. FFPE stands for “Formalin-Fixed Paraffin-Embedded” and describes the two key features of this method of tissue preservation. Formalin is a formaldehyde solution and has been in use since the discovery in the late 1800s of the preservative effects of formaldehyde by the German physician Ferdinand Blum (Fox, et al., 1985). Paraffin is infused into the tissue following fixation with formaldehyde, and the tissue is also surrounded with a paraffin casing to help support it and protect it from oxidation. Professionally fixed and embedded FFPE samples and the biomolecules they contain are reasonably stable at ambient temperatures. Structurally, the fixed and embedded tissues are resilient and can be used for microscopic anatomy studies almost indefinitely, but over time, the antigenicity of some proteins will degrade limiting IHC studies to samples no older than a few decades. Double stranded DNA is surprisingly stable in FFPE blocks, but other less stable biomolecules such as RNA may degrade within a decade or less, especially once sections have been cut.
Archives that accumulate large numbers of FFPE samples are an especially rich source of data when comparison of many cases (i.e. FFPE samples from multiple donors) is desirable in order to draw statistically robust conclusions about the characteristics of particular indications. If the FFPE samples are going to be used in “high stakes” biomedical research, then it is important that every stage of the preparation process is performed by fully trained and certified professionals, preferably in a CLIA certified (i.e government inspected) or CAP accredited (College of American Pathologists) laboratory.
Ribbon of sequential sections of a FFPE sample for microscope slides.
It should be noted that the FFPE process is not universally standardized, and institutions across the globe may use slightly different protocols with different formalin solutions or otherwise tailor the process to their preferences and requirements. What follows is an overview of the process and descriptions of what each step entails, as well as some common variations.
Tissue Acquisition
Prior to tissue processing is the necessary step of tissue acquisition. This is actually the most difficult element to control because it is intertwined with patient care, 41CFR46 compliance, and in the US, internal review board (IRB) oversight. The specifics of the medical procedure and the conventions of standard care are important because they can affect variables such as time intervals between the administration of anesthesia and ligation of vessels, removal of the tissue and the elapsed time before fixation, any of which may impact the quality of the specimen. For example, changes in RNA and proteins are likely to occur during the time interval, known as warm ischemia time, between ligation of the blood supply and tissue removal (Dash, et al., 2002). This ischemia time can range from minutes to hours depending on the organ, the standard operating procedures of the institution, the surgeon and other healthcare personnel involved, and the surgical approach. For that reason, it has been recommended that this time be recorded for each specimen and that it be kept to a minimum (Hewitt, et al., 2008).
FFPE Tissue Processing
Once the tissue sample has been acquired, additional triage, dissection or micro-dissection (collectively referred to as grossing) may be needed to isolate and prepare the specific portion of tissue that will be passed through the remaining processing steps. Tissue processing today is often completely automated up to the final step, embedding, which may be manually accomplished. There are many tissue processors available, but all will follow the sequence of the first four steps shown above. The automation of the various steps helps to eliminate variations in the procedure as a source of variation of experimental results between different FFPE samples.
Fixation
Fixation is the initial step in FFPE tissue processing. Critical factors for consideration include the solution to be used, the length of time allowed for fixation, and the thickness and histological properties of the tissue sample to be fixed.
• Solution
The fixative that is used by most laboratories is neutral-buffered, 10% formalin. Formalin is a liquid that is 37-40% formaldehyde and 10% methanol (by weight) in water; thus a 10% formalin solution contains about 3.7% – 4% formaldehyde and 1% methanol (Hewitt, et al., 2008; Kiernan, 2000). In actuality, formaldehyde exists in solution primarily as monomers or small polymers of methylene glycol (methanediol, formaldehyde monohydrate) which is formed by the reversible reaction of formaldehyde with water. High weight methylene glycol polymers are termed paraformaldehyde and will precipitate out of solution, but methanol slows this process of polymerization which is the reason for its inclusion in formalin solutions. Formalin diluted with water (such as 10% formalin)—and especially if it is a buffer solution—will contain principally monomers as the vast number of water molecules break up any methylene glycol polymers that would normally have existed in a solution of higher formaldehyde concentration (Kiernan, 2000). Buffers, the remaining component of formalin, are also added because formaldehyde has a tendency to oxidize to formic acid (Fox, et al., 1985). Formic acid in tissue fixation can result in the precipitation of formalin pigment (acid hematin) granules which can resemble pigments produced by some parasites (Pizzolato, 1976). Buffering of formalin prevents this from happening. Common buffering agents include magnesium carbonate, calcium carbonate, citrate, Tris, and phosphate buffers (Hewitt, et. al., 2008). Commercial formalin often contains phosphate buffers. “Neutral-buffered,” which is typically how formalin is prepared, simply means that the pH is kept to about 7.
• Process and Mechanism
Because of the low molecular weights of formaldehyde and methylene glycol, formalin (primarily methylene glycol in solution) penetrates tissues relatively quickly, at a rate that depends on tissue type but with an average rate of 1mm/hour (Hewitt, et al., 2008). Protocols for fixation will thus vary depending on what type of tissue is to be fixed. Once inside the tissue, the fraction of formaldehyde molecules that are present in solution will begin to cross-link with proteins, but this happens at a much slower rate than the rate of diffusion. The reaction of formaldehyde with the tissue draws it out of solution and tugs that reversible formaldehyde-to-methylene glycol reaction back in the direction of formaldehyde so that more of it is produced even as it is consumed (Fox, et al., 1985). Lysine amino side chains are the most reactive with formaldehyde, but others that are somewhat reactive with formaldehyde include arginine, asparagine, histidine, glutamine, serine, and tyrosine (Howat and Wilson, 2014). Following reaction, the resulting hydroxymethyl group attached to the complex can then further react with the same protein or other proteins, thus forming stable methylene bridges (protein-CH2-protein) (Kiernan, 2000). It is this that produces the insolubility and rigidity of tissues that have been formalin-fixed and thus preserved. About 24-48 hours are required for this cross-linking to sufficiently occur throughout the tissue (Thavarajah, et al., 2012), but it has been recommended that no more than 36 hours be allowed for this process as fixation for a longer period of time will decrease the quality of biomolecules in the FFPE samples, such as by shortening the length of nucleic acids that can be extracted (Hewitt, et al., 2008).
• Limitations
The major benefit of using formaldehyde—especially as neutral-buffered, 10% formalin—is that it preserves a wide range of tissues and components. However, it does have limitations. For instance, a combination of formaldehyde with glutaraldehyde (C5H8O2), or a solution of glutaraldehyde alone, is typically used for electron microscopy (Kiernan, 2000) as those solutions are better for preserving tissue structures for that purpose. Note that tissues prepared with a glutaraldehyde or glutaraldehyde-aldehyde solution will not be considered FFPE samples. Another challenge is the retrieval of DNA and RNA molecules from FFPE tissue as formalin tends to modify nucleic acids—even to the point of introducing artificial mutations in DNA—and break them up into small fragments (Srinivasan, Sedmak, and Jewell, 2002). Yet it is possible to extract DNA and RNA fragments from FFPE tissue that are suitable for analysis, as described in a protocol written by Tang, et al. (2009), with a key factor in nucleic acid recovery being appropriate protease digestion. Commercial kits for nucleic acid extraction from FFPE samples are available as well.
• Specimen Thickness
One other major point to consider regarding formalin fixation is the thickness of the tissue sample. While formalin does penetrate tissue relatively quickly, as mentioned above, the thickness of the tissue will affect the quality of the fixed sample. More time will be required for formalin to reach the center of thicker tissue samples. While formalin is gradually diffusing into the innermost reaches of the sample, the outer regions will already have begun the process of fixation so that the biomolecules there are more likely to degrade in the protracted length of time required for total fixation. Additionally, if time limits are adhered to (such as a maximum of 36 hours as mentioned above), then there is the possibility that the tissue sample will not be sufficiently fixed (preserved) in its entirety. For this reason, tissues for fixation that are larger in width than several millimeters or perhaps one or two centimeters would be better dissected into thinner segments for optimum fixation (Hewitt, et al., 2008). Institutions may have different protocols for the length of time and volume of fixative required for tissue samples of different widths, but in general the ratio of the volume of fixative to the volume of tissue should be 10:1 (Klatt, 2016).
Dehydration
The second step in FFPE specimen processing is dehydration. Because paraffin is immiscible with water, all the water from the formalin solution must be removed from the tissue before paraffin can infiltrate it. A series of alcohol (often ethanol) solutions, frequently beginning with 70% and progressing to 100% alcohol, will be used to remove essentially all of the water from the tissue. Using fresh solutions or frequently replacing used solutions is required for optimum dehydration because the alcohol will become increasingly diluted with use. It is also imperative that this step be completed fully (with sufficient time set aside for this step) because insufficient dehydration can lead to tissue degradation (Klatt, 2016; Hewitt, et al., 2008).
Clearing
Since paraffin is actually not miscible in alcohols, either, the next step is to remove the alcohol with a substance that is miscible with paraffin. This step is known as clearing, and xylene is the clearing agent most often used (Klatt, 2016; Hewitt, et al., 2008).
Paraffin Infiltration
Following adequate fixation, dehydration, and clearing, the tissue can finally undergo paraffin infiltration (or impregnation). This step is also not standardized, and institutions from around the world may use different paraffins and wax mixtures of varied composition. Paraffins have different melting points and textures that impact the final tissue block and its characteristics. In the United States as well as in Western Europe, synthetic paraffins with low melting points (55°C-63°C) are normally used for the best outcomes. Latex, dimethyl sulfoxide, and proprietary “plasticizers” may be included in the formulation in order to modify the texture and malleability of the final tissue sample (Hewitt, et al., 2008).
Nations from other parts of the world will often incorporate beeswax into their formulations in order to improve the malleability and decrease the melting temperature of low quality paraffins used. Beeswax contains contaminants such as pollen, however, and it decreases the quality of the final sample. Higher melting temperatures are to be avoided because they later result in decreased and insufficient deparaffinization of the tissue specimen as well as a decrease in the amount of nucleic acids recovered from the tissue (Hewitt, et al., 2008).
Paraffin Embedding
The last step in processing FFPE samples is paraffin embedding. The tissue specimen infiltrated with paraffin is surrounded with a coat of paraffin. Care must be taken to correctly orient the tissue block in the mold (“cassette”) because this impacts the plane of sectioning when thin sections are sliced off the block with a microtome (Klatt, 2016). Once the paraffin casing has solidified, the FFPE block is ready for storage and will remain well preserved for years, even up to decades (Hewitt, et al., 2008).
Sectioning
Once the tissue is embedded, it is ready for sectioning on the microtome. Since the tissue is not always completely flat against the front of the paraffin, the histotechnologist typically must “face” into the block. The tissue block is put into the block holder of the microtome and, while adjusting the angle of the block holder so as to waste as little tissue as possible, the histotechnologist turns the handwheel, moving the block up and down against a sharp blade. The block is cut until a full representative section of the tissue is at the forefront of the block. Once the tissue is faced, the block is put onto ice to cool, which will help facilitate the cutting of thin sections; paraffin that is too warm will create compressed tissue with wrinkled sections. When the block is cooled, it is placed back into the block holder. The technician again turns the handwheel, this time at a slow, even pace to create consecutive thin sections that stick to each other, forming a “ribbon.” The ribbon is placed onto a warm water bath (the temperature is kept just below the melting point of the paraffin) to smooth out any wrinkles that have formed. The technician then places a microscope slide into the water bath and “scoops up” the chosen section(s) so that they stick to the slide.
The most common thickness for tissue sections is between 3-5 micrometers (or microns, for short), which is the thickness of a single cell. Slides with 3-5 micron sections are normally used for staining, whether it be the standard Hematoxylin & Eosin (H&E) stain, special stain, or immunohistochemical (IHC) stain. Researchers will often request “curls” in lieu of thin sections on slides. Curls are thicker sections (10 microns or greater) that are put into Eppendorf tubes and are generally used whenever RNA or DNA needs to be extracted from the FFPE samples. Thick sections can also be put onto slides instead of tubes; this is optimal when only a portion of the tissue will be used for extraction. In this instance, the tissue is scraped off the slide and put into a tube. FFPE samples that have been sectioned are structurally stable, and if treated and stored properly they can be used for microscopic analysis for some time after the sectioning has occurred, but if chemical extractions are to be performed, then generally the sections should be used as soon as possible after cutting to prevent oxidative and biological degradation of the exposed target molecules.